流行性感冒因为流行性病毒引发，流感病毒可感染呼吸道的所有各类细胞，并能在其内复制，从而引起细胞损伤及死亡。若流感得不到及时有效治疗，可引发以下几类并发症。
1．继发细菌性上呼吸道感染，如急性鼻窦炎或化脓性扁桃体炎。
2．除原发性流感病毒性肺炎外，尚可出现继发性细菌性肺炎，或病毒与细菌混合感染性肺炎。
①流感病毒性肺炎，流感病毒感染自上呼吸道继续向下呼吸道蔓延引起，原发性流感病毒性肺炎容易发生于有潜在肺部及心脏疾病患者（特别是风湿性心脏病，左房室瓣膜狭窄患者）、孕妇或处于免疫缺陷状态的人群。典型病例表现为高热持续不退，迅速出现呼吸困难、发绀、剧烈咳嗽、泡沫黏液痰或痰中带血症状；查体发现双肺呼吸音低，满布哮鸣音，但无实变体征，病程可长达3-4 周。
②继发细菌性肺炎，流感病毒感染导致呼吸道上皮细胞坏死、纤毛脱落和黏液分泌功能障碍，局部防御功能降低，易继发细菌感染，表现为急性支气管炎和肺炎，多由肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌等引起，继发细菌性肺炎多在流感病情已经好转之后发生，随后体温复升，并伴有细菌性肺炎的症状和体征；
③细菌性肺炎与流感病毒性肺炎并存，患者多为老年人，或是有慢性心肺疾病、代谢或其他疾病患者。表现为呼吸困难、发绀，肺部满布啰音，亦可伴发胸膜炎，出现胸腔积液或脓胸。病情严重者更可引起流感后中毒性休克综合征。
3．Reye 综合征（脑病-肝脂肪变综合征），是甲型或乙型流感病毒感染的肝脏、神经系统并发症。在急性呼吸道感染热退后数天出现恶心、频繁呕吐、嗜睡、昏迷和惊厥等神经系统症状，肝大，无黄疸，肝功能轻度损害。
4．其他并发症，少数患者可能出现肌炎，儿童比成人多见，表现为腓肠肌和比目鱼肌的疼痛和压痛，可发生下肢搐搦，严重者不能行走。乙型流感病毒较甲型更易发生这一并发症。有报道，极少数患者可出现肌红蛋白尿和肾衰竭，也有出现心肌损害者。
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