沙眼衣原体感染可引起沙眼，相关数据显示全球沙眼病人约有4亿，有数百万人因为沙眼致盲。沙眼是一种流行性很强的疾病，感染初期可无症状或仅感眼部干燥、发痒或异物感，待出现合并症后有疼痛、畏光、流泪或视力下降现象。沙眼症状具体表现在以下几方面：
1.乳头增生及滤泡形成：眼结膜由于炎症刺激，引起结膜毛细血管扩张充盈、浆细胞、淋巴细胞浸润、结膜上皮细胞增生及结缔组织形成，结膜下由于淋巴细胞、肥大细胞、浆细胞及嗜酸性粒细胞的聚集而形成滤泡，临床表现为睑结膜充血、乳头增生、肿胀、增厚和表面粗糙不平，其上可有大小不一的圆形、椭圆形或不规则形的滤泡，此为沙眼活动期病变，和一般结膜炎病变相似而非沙眼特异。
2.瘢痕形成：此时病变进入修复阶段，炎症逐渐消失，在病变的睑结膜上，有粗细不等、走行不一的灰白色或黄白色细线，多数细线联结成网状，甚至形成黄白色片状瘢痕，残余的乳头及滤泡变扁变小或全部纤维化。睑结膜连同睑板由于纤维化瘢痕形成及收缩，而致睑板变形、缩短、睑内翻及倒睫，引起角膜病变、视力下降，此为沙眼重要且典型的病变。穹隆部因瘢痕收缩而变浅，形成眼球后粘连。
3．角膜血管翳：沙眼衣原体感染早期，除结膜病变外角膜亦受侵犯并出现病变，角膜上缘出现上皮下细胞浸润，结膜毛细血管终端出现新生血管，越过角膜缘并向角膜内生长形成血管翳，血管之间有细胞浸润，使角膜失去透明度。
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