鼠疫耶尔森菌能够感染新的动物种群，一方面是因为跳蚤可以传播该菌，另一方面是因为这种微生物可以从宿主身上脱落，然后在啮齿动物微气候温暖的巢穴中生存。有些文献曾将鼠疫圈的这部分鼠疫叫做“野生啮齿动物”鼠疫或“地方性动物”鼠疫。该“病”其实并不总是一种疾病，其生态学是非常复杂的。实际上，生态系统偶尔的变化或干扰都会使具有易感性的啮齿类动物感染上鼠疫耶尔森菌。历史上最为重要的啮齿动物当属黑家鼠，这种或棕或黑的家鼠随处可见，与人类共栖在一起，毫不夸张地说它们是“与人共享一个餐桌”。如果黑家鼠感染了鼠疫耶尔森菌，这些易感动物很快就会死于暴发性感染。由于它们的血液中这种细菌的含量很高，它们身上的鼠蚤也吸食了大量的细菌。 东方鼠蚤中的印鼠客蚤和人蚤被认为是历史上十分重要的节肢动物媒介，它们将“动物疫源性”鼠疫传播给了人类。印鼠客蚤是一种传播能力很强的媒介，其食管内存在一个弯曲，或称前胃，从而为鼠疫耶尔森菌的生长提供了场所：当跳蚤食管被“堵塞”时，将无法再把血完全吞下。为了消除这个团块或堵塞物，印鼠客蚤会感染新的哺乳动物宿主。而其他跳蚤则可以很快将鼠疫耶尔森菌清理掉，于是只有跳蚤的排泄物或者其尸体的碎屑可以继续感染。致痒蚤之所以在历史上起着重要的作用，是因为它依靠吮吸人类和普通家鼠的血液为食。 当动物疫源性鼠疫在易感性啮齿动物中产生很高的病死率之后，已被感染的跳蚤由于没有啮齿动物可以作为宿主，开始转而叮咬人类，常引起人类的鼠疫流行。尽管历史学家会提到“地方性鼠疫”，但实际上这种现象并不存在。人类通常不携带鼠疫耶尔森菌，于是也就不可能再把它传染给跳蚤或其他新的宿主。对于人类社会来讲，鼠疫这种急性传染病来源于被感染的啮齿动物。
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