血清学研究显示巨细胞包涵体疾病在全世界广泛分布。尽管疾病的周期性复发导致长期的病毒脱落，但并不具有很强的传染性，病人常保持无症状状态。可能病毒主要通过口腔分泌物接触而传播，因为脱落病毒主要来自唾液腺，咽淋巴组织培养常显示病毒阳性。病毒也可从尿液、乳汁、精液以及子宫颈中分离出来，因而这种感染可能是一种性传播疾病。 巨细胞包涵体病最严重的方面在于它是一种产前疾病。尽管母亲是无症状和有免疫力的，但病毒还是向胎儿传递。当然原发感染也可以在妊娠期发生，但感染复发仍是产前感染的最好解释。且有证据表明在这种情况下，子代的感染将更加严重，这是因为，感染复发时母亲可以受到抗体的保护，而子代却没有。 由于疾病主要由口腔分泌物传播，那些居住在拥挤和卫生环境差的地区的人们预期出现较高的发病率。美国和英国的研究显示，0.2％～7.5％的新生儿病毒阳性，这使得这一疾病成为最常见的胎儿感染性疾病。在美国，8～24个月的婴儿中5％～25％出现补体固化抗体。在对一个美国南部城市的5个日托中心244名不到1~4岁年龄段的儿童所进行的一项关于巨细胞病毒分泌流行情况的研究中，每个儿童都通过口腔拭子和尿样来检测分离病毒，结果发现在不同中心分别有49％、40％、32％、13％和9％的儿童有病毒排出。至于中心的工作人员50％至100％都有病毒抗体，孩子的双亲56％至88％有病毒抗体。
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