沙加斯病有很多种不同的形式，我们将依次对它们进行讨论。不过，由于缺乏有效的治疗办法，所有病人的预后都很差，10%的病人是急性型的，最终将死亡。而慢性型通常可维持10年，甚至长达40年之久，极个别的病人可能终身不表现出症状。慢性心源性疾病以及巨结肠和巨食管都可能会缩短病人的生命。 该病的急性型主要发生于儿童，绝大多数情况下是一种发热性疾病。正常情况下，还会伴有全身性淋巴结肿大、肝脾肿大和面部水肿等症状。死亡通常是由于心脏肌层的急性炎症（心肌炎）或并发性支气管肺炎导致的。 隐匿型沙加斯病多见于由急性型好转的病人，以及那些体内潜伏着寄生虫但是不表现出疾病症状的病人。不过，多种检查通常可以检出食管蠕动的改变以及心电图的改变。 一般情况下亚急性型沙加斯病多见于年轻人，病人通常会发生急进性心力衰竭。 在沙加斯病地方性流行的地区，慢性型是最重要的死因。病人心脏严重扩张，约30%的病人肌纤维中的假性囊肿内存在寄生虫。尽管有可能存活5年之久，但是通常会在6~12个月内突然死亡。 在地方性流行地区，消化性沙加斯病表现为巨结肠或巨食管。这些器官会出现肌层神经细胞的退化或减少，进而导致器官扩张。这种情况通常不会导致死亡，但是由于食管肿胀，病人通常会感觉吞咽困难，并会因伴随巨结肠的出现而导致便秘，这些问题会进一步引发其他危及生命的疾病。
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