沙眼衣原体感染会引起人体不同系统不同疾病，例如沙眼、泌尿生殖系统感染等。通常沙眼衣原体对四环素族、大环内酯类及氟喹诺类抗菌药物敏感。在相关疾病治疗中，医生也常使用这几类药物进行对症治疗。 1.沙眼及包涵体结膜炎 局部可滴用0.1%利福平或15%磺胺醋酰钠滴眼液，晚上用四环素或红霉素软膏。 2.泌尿生殖系统感染 可选用四环素或红霉素，亦可用多西环素、阿奇霉素、克林霉素、克拉霉素(克拉红霉素)、氧氟沙星或利福平等药，上述药物疗效及副作用相近似。多西环素及四环素价格低而阿奇霉素较高。孕妇、哺乳期妇女及儿童不用四环素及氧氟沙星。 3.治疗淋病 可使用氟喹诺酮类药物治疗，该类药具有高效低毒特点。但孕妇、哺乳期妇女及儿童禁用，孕妇推荐用红霉素治疗，如不能耐受可用阿莫西林。国外临床试验证实，对比阿奇霉素和阿莫西林治疗孕妇的沙眼衣原体感染的疗效和耐受性，结果两者疗效均好，对阿莫西林的耐受性优于阿奇霉素。 由于本病易合并淋球菌及厌氧菌感染，须兼顾治疗。且由于本病原体繁殖周期长，抗菌治疗时细菌可被暂时抑制，故应在抗菌治疗结束后3~4 周再进行病原体培养，以判断其是否被清除。 此外，也可采用手术治疗，该方法适用于眼部并发症如严重的内翻倒睫，性病性淋巴肉芽肿引起的化脓性淋巴结炎、象皮肿、严重的直肠狭窄或尿道狭窄及某些女性不孕的合并症等。
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