昏睡性脑炎的临床特征包括大脑和脊髓的弥漫性病变产生一系列神经疾病的症状和体征。有时与呼吸性传播的流感同时发生,但更常见的是在一个长间隔后发生。脑炎病人发病常表现为特有的三联症:发热、昏睡和眼球运动障碍,以及其他范围广泛的症状和体征,包括头痛、震颤、虚弱、抑郁、谵妄、抽搐、表意不清、共济失调,或者不能识别重要的感觉刺激,如同精神病和昏迷。眼球转动障碍(一段时间内眼球固定在某一位置)以及其他眼球运动失常是最常见的神经系统局部损伤体征,大约出现于四分之三的病例中。另一个常见症状是昏睡,在某些病人中只持续几天,但在另一些病人中可以持续数周、数月甚至直到由昏迷性呼吸衰竭引起死亡。在急性病例发生后,间歇性抽搐和严重的精神、行为改变持续很久的情况并不少见。近三分之一的昏睡性脑炎病人死于急性发病;此外,很大一部分(80%)幸存者在随后的几十年里会发生帕金森综合征。 急性脑炎的主要病理学表现,是在脑膜和围绕脑、脊髓的血管的弥漫性炎症反应;神经元退行性病变,在脑干、基底神经节和小脑中尤其明显,也包括大脑皮质和皮质下白质层。在脊髓中,白质和灰质都发生炎症和退行性病变。