大部分的人类真菌病原体，甚至那些导致明显真菌病（如球孢子菌病和组织胞浆菌病）的病原体，似乎都在环境中有一些天然的分布，仅偶尔感染人类。1、足分枝菌病该疾病是一个临床上有完整定义的病种，其特征为可引起皮下组织肿胀，伴有窦道排出病原体颗粒，其颜色各异，从白色到黄色、红色以及棕色和黑色都有。足是最常累及的部位（马杜拉足），但手或其他部位也可能受到感染。足分枝菌病是一种典型的机会致病性感染。2、隐球菌病本病可以引起肺、皮肤或身体其他部位的亚急性或慢性感染。尤其中枢神经系统常由酵母新型隐球菌引起，此菌在自然界广泛分布，有时是水滴或鸽笼碎屑中的主要微生物。尽管鸽子没有受到感染，但酵母存活在由鸽子排出的粪便中，人类常由于清扫旧鸽笼时吸入病原体而受到感染。大部分的感染都是亚临床性的和自限性的，致死性和全身性感染大多发生在虚弱的病人或那些经药物治疗而“遭到损害”的人。3、鼻孢子虫病此病是一种黏液组织（尤其是在鼻部）感染，导致形成大的息肉，是真菌病中的一个例外。它的致病源西伯鼻孢子虫还没有培养出来，在分类学上的位置也未能确定。疾病的流行发生于人和动物（特别是耕地的小公牛），还与水和土壤有关。4、曲霉病与毛霉病曲霉菌和毛霉菌是显著的、无处不在的、被称为“普通霉菌”的组成部分，因而它们不像来自致病物培养基中的污染物那样常常被发现，并可能被误认为病原体。另一方面，人类被这些霉菌或相似霉菌感染的病例常散在发生，全世界都有报道。5、依赖性霉菌病该疾病归因于人类“体质”有很长的历史。甚至在19世纪初，皮肤病学家还没有接受病原性这一概念时，就将儿童的癣菌病归因于体质因素，同时营养确实明显影响了表现出的症状。由于使用（或滥用）抗生素导致了医源性真菌病或使其变得严重起来。其原因可能是因此引起口腔环境的改变，使得细菌性竞争消除，而假丝酵母病被诱发。此外，心脏手术和器官移植的应用，以及随后的免疫抑制药物的使用，导致了假丝酵母性心内膜炎和真菌败血症，所以，抗真菌治疗现在成为一种常规的辅助治疗方法。
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