真菌中毒可以划分为两类：（1） 蕈中毒，由于误将有毒真菌作为可食品种食用后造成；（2） 霉菌中毒，不慎摄入含有菌类所产生的毒素的食物所致。虽然后者的发病范围也遍及世界（麦角中毒除外），但是到20世纪才被广泛认识。蕈中毒全世界都有，牵涉到的真菌种类取决于地理位置，但在已报道的发病率里有许多变化。例如，在西欧就有很多出版物记录了法国蕈中毒事件，在那里可食用的菌种在野外被广泛地采集来出售，这种现象在英国却很少见，因为在英国人们对食用野生菌仍持怀疑态度。大多数有毒菌都是体形较大的担子菌纲真菌，但一些带有大子实体的子囊菌是有毒的。儿童卡贝病或乌罗夫病是一种由于食用了发霉的谷物所导致的以全身骨关节炎为特征的疾病。食用发霉的大米能引起一种心脏性脚气病（黄米病），与此病有关的毒素被认定是由黄绿青霉产生的黄绿青霉素。在俄罗斯某些区域人们习惯于将成熟的谷物埋在雪地里过冬，由于雪覆盖得过厚以至其下方的土壤并未被彻底冻结，加之在温暖的春天，土壤反复轻度的融化和冻结，谷物遭受镰刀菌属及其他产生毒素的真菌（主要为单端孢素）的侵蚀而发霉，人们食用这些谷物后导致霉菌中毒。含花生的大量食品中都发现有黄曲霉毒素。在非洲和亚洲的一些地方，人类肝癌的发病率与摄入黄曲霉毒素有关。
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