小鞭毛虫蓝氏贾第鞭毛虫的感染遍布全世界,这种原虫栖居于人体的小肠,在小孩体内尤为常见。其他哺乳动物,包括河狸和麝鼠体内也有贾第鞭毛虫,它们是贾第鞭毛虫栖居的重要宿主。成年原虫用吸盘吸附于小肠壁。原虫与肠壁分离并向下经过肠道、变形为包囊。包囊能够抵抗许多环境压力,包括水的滤过和氯化。人类常因食用被粪便污染的食物和水而被感染。在发达国家,许多贾第鞭毛虫病的病例可追踪到野营者,他们饮用了看似纯净的荒野里的溪水,而实际上这些水已被动物污染。贾第鞭毛虫感染的临床重要性在过去已引起相当多的争论。尽管许多病例实际上是无症状的,现已查明,鞭毛虫损害小肠壁,严重感染导致不能吸收食物中的营养而引起营养缺乏症。其症状包括腹泻、肠胀气、腹部不适和排浅色的脂肪便。确定贾第鞭毛虫感染的经典方法,是在显微镜下查找粪便中的原虫。但依据这种技术的调查,一般会低估该病的流行率,因为原虫并非始终在大便中出现。反复检查和使用20世纪80年代发展起来的血清学技术,对单个病人和整个人群都能给出更精确的结果。大多数感染是自限性的,并且治疗有效,但必须避免反复感染。有证据表明,母乳有助于保护婴儿抵御感染。