1、男性与女性生殖部位的感染阴茎开口处有脓性分泌物溢出，有时会伴有不适、疼痛，或排尿时有烧灼感，这些是淋病最常见的临床表现。淋球菌依附于尿道末端的细胞，在有症状的病人身上引起特有的炎症反应，随后引起多形核白细胞的分泌（在所有被感染的黏膜部位这个主要的病理过程几乎是一致的）。虽然大部分男性在感染后3~5天会有症状，他们的病程却并不相同。大约四分之一的病人，其疼痛或分泌物流出可以是轻微的或者是亚症状的（如病人无须寻求临床照料）。另外，相当一部分男性淋病病人是无症状的。在抗生素发明之前，男性尿道感染的主要后遗症是炎症后纤维化和尿道狭窄。这些并发症现在已经很少见了。在女性身上，无症状感染可能更为普遍，而“正常的”阴道分泌几乎没有引起多少临床重视。女性淋球菌感染者中70%~90%伴有尿道感染，但在不伴宫颈内膜感染者中淋球菌感染很少见。更重要的下部管道的淋球菌感染的临床表现是子宫颈的感染。脓性或者黏液性的宫颈分泌物是淋球菌感染的特征。虽然该病的临床诊断可能会由于其他致病微生物的存在而变得复杂，宫颈化脓显然是不“正常”的，需要系统的细菌学的调查。2、盆腔炎（PID）可能现在关于淋病的主要关注点是它可能导致妇女生殖器官的损害。淋球菌可能会从子宫颈往上传播，感染子宫内层的输卵管（输卵管炎）并最终导致腹膜炎。盆腔炎一旦发生，就会是慢性的，持续很长时间，并且造成严重的后果。大约有20%的女性在原发性淋球菌感染性盆腔炎的治疗后会有复发。长期疼痛、下腹部的不适，以及性交困难，这些症状反映了输卵管在不知不觉中加剧的瘢痕和闭锁，并且会导致异位妊娠，最终造成无觉察的不孕。瑞典的研究表明，不孕的可能性在患1次输卵管炎后是12%~16%，在患3次输卵管炎后上升到60%。3、播散性淋球菌感染（DGI）一个罕见且独特的表现是淋球菌通过血液传播。典型的情况包括（经常）咽部、阴茎、阴道或者直肠的无症状的感染，并伴随有典型的皮肤损害和关节炎。皮损为小面积出血区域，伴中心坏死，并且通常少于20个。感染的关节通常具有关节炎的4个典型特征：红、肿、热、痛。最常侵犯到膝，其次是肘、踝、腕和手部小关节。播散性淋球菌感染的病人通常对常规治疗很敏感，很少会有长期肌肉与骨骼的并发症。4、其他临床表现关于淋球菌的其他罕见的感染也有文献记录。成人有时会通过直接（如手到眼）接触感染的分泌物而发生淋球菌性结膜炎，并有可能导致更严重的眼睛受累。淋球菌性心内膜炎、心肌炎、肝炎以及脑膜炎可以作为弥漫性症状的一部分而发生。肝周围炎（术语为菲科综合征）传统上被认为是右上腹淋球菌感染所造成的，一般伴有典型的盆腔炎。但是最近的研究证据表明，这个疾病更多是由于衣原体感染，而不是淋球菌感染造成的
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