对淋病危害性的衡量，不仅在于它作为急性疾病，其后长期病程相当严重，而且也由于它的一些非常特殊的生物学特性。淋球菌的毒性在于它能够黏附于黏膜表面，抵抗免疫系统的防卫，造成无症状的感染。这些特性在以下4种主要分类方法的发展中起到了很重要的作用：1. 是否存在鞭毛（淋球菌表面生长的细丝状的突起），它决定了对黏膜细胞的黏附力。它们的存在反映于淋球菌菌落的大小、形状以及不透明性，它形成了最早使用的分类方法的基础。2. 淋球菌的营养需要。将生物体依照它们需要的氨基酸进行分类（营养分类）确定了一些特殊品种的存在，它们对抗生素或多或少是敏感的，并且更易于造成弥漫性感染。3. 淋球菌细胞包膜的抗原结构也提供了一种分类的机制（血清型）。血清型和营养分类常同时使用，用来表示分布的模式，以及将这些病例用流行病学进行联系。4. 对抗生素的敏感性。目前已定义了4种可传递的遗传物质（质粒），这可以帮助进行病例的地理定位。这些分类的系统反映了淋球菌具有相当可观的发病机制。相反，宿主的免疫机制似乎不那么充分。生殖器分泌物在体外实验中可能对淋球菌有一定的抑制作用，但不是保护性的。局部的免疫球蛋白产物已被证实存在，但是会被淋球菌产生的蛋白酶所分解。血清抗体在先前感染的病人中经常发现，但是对血清破坏的抵抗是新近被分离的淋球菌的典型特点。事实上，到目前为止的研究的最终结果反映了一个长期的观察结果，即人类会一次又一次地感染淋病。没有明显具保护作用的人类免疫系统。无症状感染的存在，宿主明显的免疫耐受，可以部分解释淋球菌生态学上的成功。
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