原发性肺组织胞浆菌病在至少一半的人群中该疾病是无症状的。有症状的病人在接触感染源2周后发病。他们的症状类似于流感，伴发热、寒战、肌肉疼痛、头痛以及干咳。罕见的临床表现包括关节疼痛、关节炎和结节性红斑。不管病人有无临床表现，胸部X线片可见片状局限性肺炎及显著的肺门淋巴结肿大。可能在大多数病例中会发生原发性真菌血症。在流行区域病人的脾和肝中常可见钙化的肉芽组织，它们是由这种原发的自限性的真菌血症而不是进行性播散所引起的。在接触了特别重度的感染源后，会发生更为弥散性的肺部感染，胸部X线片可见广泛结节状浸润。其他表现包括呼吸困难等，而这些症状更为严重，持续更长时间。大多数病人不需要治疗就可以恢复，但极罕见的病例可发展为呼吸衰竭。原发性肺部感染后胸部X线片一般可恢复正常，但也常可见一系列残留的异常。最初柔软的浸润灶会变硬和收缩，形成一个或数个小结。中央坏死可造成中心高密度的钙化（“靶”病变），但是并不常见。比较罕见的表现是，交替发生的治愈和发作可随着病灶慢慢变大而形成钙化的同心圆。淋巴结的钙化，不管是和实质性结节一起还是作为一个独立的症状，都很常见。最后，双侧肺野可见散发的小的“弹状”钙化，这是吸入大量荚膜组织胞浆菌后没有完全康复的特征性表现。原发性组织胞浆菌病在肺中有数种不常见的局部并发症。心包膜的受侵可造成非特异性急性心包炎。这种炎症可能代表了对肺的邻近区域感染的一种反应，因为心包液的培养通常是无菌的。很多病例可被误诊为良性病毒性心包炎。该过程很少发展为慢性缩窄性心包炎。在耽搁时间较长和较严重的病例中，纵隔广泛的纤维化可造成血管缩窄，形成上腔静脉综合征，表现为面部和上肢水肿，胸壁浅表静脉侧枝形成。食管附近的炎症可造成牵引性憩室。支气管的淋巴结受侵会造成慢性咳嗽。如果钙化的淋巴结侵蚀了支气管，会形成支气管结石，咯血是常见的临床症状。
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