病毒最大的威胁，来自于恶性变异。但世卫组织驻华代表韩卓升在北京举行的记者会上指出，中国大陆目前所有手足口病病例中发现的病毒都是同一种亚型，因此没有证据表明病毒已经演变成致死性更强的类型，或者说它可能有不同的来源。
防范已知的病毒，一般人会先想到疫苗。但是，EV71目前仍没有有效的疫苗，因此只能从人类应对病毒最根本的经验入手，切断流行的三个环节：传染源、传播途径和易感人群。
手足口病的传染源主要是已患此病的患者。在发病1—2周后，患者咽部仍能排出病毒，3—5周后，粪便中也仍可能排出病毒，疱疹液则更是含大量病毒。因此防治此病首要便是隔离患病者，让患者在家休息，减少外出。同时对患者污染过的日用品进行消毒，对粪便等排泄物撒入漂白粉浸泡。
EV71的主要传播途径是通过人群间的密切接触进行传播。防范这个环节，关键是做好环境、食品和个人卫生，做到饭前便后洗手。
手足口病的易感人群主要为学龄前儿童，尤以3岁以内年龄组发病率最高。卫生部新近发布的《手足口病预防控制指南》（2008年版）中，强调说，“做好儿童个人、家庭和托幼机构的卫生是预防本病感染的关键。”
为了不让宝宝受到这种疾病的戕害，家长应尽量少让孩子到拥挤公共场所游玩，同时还应注意孩子的营养休息，避免日光暴晒，防止过度疲劳。不应让儿童喝生水、吃生冷食物，避免接触患病儿童。接触儿童前、更换尿布、处理粪便后均要洗手，并妥善处理污物；婴幼儿使用的奶瓶、奶嘴使用前后应充分清洗；居室要经常通风，勤晒衣被。儿童万一出现高热不退或出现言语迟钝等大脑症状，应该立即送往医院救治。
对于症状较轻的患儿来说，不必住院，宜居家治疗，以减少交叉感染。目前此病采取以下措施缓解：服用抗病毒的药物，如病毒唑、病毒灵等；保持局部清洁，避免细菌的继发感染；若口腔有糜烂，小儿吃东西困难，可以给予易消化的流食，饭后漱口；局部可以涂金霉素、鱼肝油，以减轻疼痛和促使糜烂面早日愈合；还可以口服B族维生素，如维生素B2等。
手足口病与流感一样，有流行季节，目前我国的手足口病流行高峰可能还没来到。韩卓升说，手足口病病毒的发作常在六七月份达到顶峰，因此中国的疫情较通常情况提前了，这也意味着随着天气的不断转暖，病例可能还会增加。
对待这种疾病，应该保持理性的态度，没有必要无理性恐慌。手足口病在我国的发展也证明了这一点。今年3月份，我国手足口病的死亡率曾一度高达11%，但在4月下半个月，死亡率已经降至0.2%。
随着国家紧急行动，医护人员对疾病的诊疗愈发准确，百姓自我防护意识增强，可以预计未来一段时间我国手足口病患者可能会继续增加，但这种疾病对患儿的影响会不断减小。对于世界人民关心的北京奥运会，韩卓升说，“我认为这（手足口病）对奥运会或任何即将发生的大事来说根本不是威胁。”
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