阿米巴痢疾通过粪口途径传播。儿童在拥挤的环境下易发生直接传染,而在收留智障者及精神障碍者机构中生活的人,以及男同性恋者也容易发生直接传染。然而,间接传染较为常见,一般通过粪便污染的食物和水来传播。虽然阿米巴痢疾的水源性流行不如细菌性痢疾常见,但是当污水污染了水井或水管时,前者就会暴发。如果将人类粪便作为肥料,或者用污染了的水清洗水果,或水果被有症状病人或无症状携菌者触摸过,水果和蔬菜上都可能沾上包囊。苍蝇和蟑螂也可以机械地将包囊由粪便传播到食物上。因而,在卫生状况较差的环境下,该病比较容易扩散,而如果个人卫生保持较好,并且供水和污水系统功能完好,那么发病就比较少。虽然实验室中狗、猫和猴子都可以被感染,但是目前并没有证据表明动物宿主具有流行病学意义。 通过改善卫生条件,尤其是良好的供水和污水排放系统,以及正确清洗蔬菜、水果和手,可以达到预防的效果,而水的常规氯化消毒并未破坏包囊。治疗时通常使用像甲硝唑等较为安全的药物,但必须持续给药10~20天,而且经常会复发。阿米巴痢疾感染不会形成免疫保护,因而无法防止被相同或者不同类型的阿米巴再感染。