有明一代，科举制度极受世人重视，学校教育成为科举制的附庸，所谓学校以培育之，科举以登进之，很好地说明了学校与科举的关系。那么书院与科举的关系如何呢?
(1)举业与修为并行明中叶以后，讲学之风很盛，但讲学的著名人物如王阳明、湛若水等人都不反对生徒习学举业，参加科举考试。王阳明指出：诸生学习举业(即八股文)，并不妨碍个人修为之功，只是容易使人失去修为之志。如果按照书院的学规顺序渐进，举业与修为当并行不悖，互不妨碍。嘉靖七年(1528 年)六月，王守仁出军广西，恢复了南宁附近学校，委派弟子陈逅主教灵山等地县学，季本等主教敷文书院。并指示说：他每日汇集府学、县学生员讲学，以兴起圣贤之学，革除积习之弊。当府学考试时，临期送生员赴试，以不妨碍他们的课业。生员在平时除进德修业外，还要经常作经书义、时务策等方面的试卷，以考查自己举业情况，以免妨害生员参加科举考试。这些例子表明，王守仁很重视举业，一再强调讲学不妨害生徒的举业。
明代另一讲学大师湛若水也不反对生徒参加科举考试。他在主持广东大科书院时，为该书院所制订的堂训规定：生徒不要把进德修业(即个人修为)与举业当成两件事，科举是圣代的制度，诸生如不遵行，修习举业，就是违反了天理。他既强调生徒不得荒废举业，又指出生徒不得以举业为目的，只是一心一意记诵、练习时文。而是应该读书明心见性，发而为文章，自然会成就举业。这一见解是受宋代名儒陆九渊的影响，很受当时读书人的赏识。其实，明代是科举制盛行的时代，科举是读书人升入仕途的最佳途径;在"学而优则仕"思想深入人心的明代，想要劝说生徒静心读书，刻苦修行，而不参加科举考试，求取功名富贵，是根本不可能的。
(2)书院科举明代的地方儒学生员有权参加科举考试，充贡京师国子监而进入仕途的，而书院的生徒却没有这种资格，因此很难约束生徒。
万历年间后，书院一直要求享有乡试的名额，于是出现了"书院科举"的名目。如白鹿洞书院原规定有洞学科举二名，每遇大比之年，这二名生徒可与地方儒学生员一起参加乡试。后来参加乡试的名额增至五名。天启四年(1617 年)白鹿洞书院主持人南康府推官李应升要求将乡试名额增至十名。当时白鹭洲书院却拥有四十二名乡试名额，这引起白鹿洞书院主持人的不满。另外，白鹿洞书院为了鼓励生徒参加科举考试，还发给生徒路费银七十两，资助贫穷的生徒应试。
这样，书院拥有了参加乡试的名额，就与府州县学没有什么重大的差别，都成为科举的附庸了，这也表明书院的官学化已十分明显了。因此，明末地方学校的弊端，如只注重举业，背诵八股文等，也在部分书院中显示出来了，书院也日益受到科举制度的控制。
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