1999年,周令飞回到了上海,现为上海鲁迅文化发展中心的主任。“鲁迅文化发展中心”是中国大陆惟一的由鲁迅家属自行成立的一个社团组织,以“继承保护鲁迅文化遗产,弘扬鲁迅思想精神,发展鲁迅先进文化、促进社会文明发展”为宗旨。周令飞表示,他现在已经把工作重心转移到宣传鲁迅、弘扬鲁迅精神的方向上来,并且会一直沿着这条路走下去。对他来说,这是很有意义的事情,他打算长期留在大陆,完成自己的心愿。
爷爷的光环虽然给周令飞带来很多,却也让他失去了很多。从小到大,他就一直在提醒自己:你是鲁迅的长孙,做什么事情都要三思而后行,稍微有闪失,你就会牵连一大片人。所以,在对待自己的子女上,周令飞保护得比较紧,但让人意想不到的是,周令飞的女儿周璟馨却因为在台湾热门综艺节目《我猜、我猜、我猜猜猜》参与评选“名门千金”而成为了网络红人。
当年22岁的周璟馨出镜,在节目中透露“我的曾祖父是鲁迅”,一度受到媒体热追。对此周璟馨征求父亲的意见,周令飞的回答是,“你能做到前三名吗?如果能,你就去做!”周璟馨想了想,说算了。如今的周璟馨供职于一家不动产顾问公司,先生是学生时代就认识的。她很坦率,说自己读太爷爷的作品“有压力”,“他的文学作品对于我来说很沉重,他笔下描述的是一个压抑时代的中国人的精神世界。”