凡药物治疗6～9个月无效，肾结核破坏严重者，应在药物治疗的配合下行手术治疗。肾切除术前，抗结核治疗不应少于2周。
1.肾切除术：
1）肾结核破坏严重，但对侧肾正常，应切除患肾。
2）双侧肾结核一侧广泛破坏呈无功能状态，另一侧病变较轻，在抗结核药物治疗一段时间后，择期切除严重的一侧患肾。
3）肾结核对侧肾积水，如果积水肾功能代偿不良，应先引流肾积水，保护肾功能，待肾功能好转后再切除无功能的患肾。
2.保留肾组织的肾结核手术：
1）肾部分切除术，适用病灶局限于肾的一极。
2）结核病灶清除术，适用局限于肾实质表面闭合性的结核性脓肿，与肾集合系统不相通。
3.解除输尿管狭窄的手术：
1）狭窄位于中上段者：切除狭窄段，输尿管对端吻合术。
2）狭窄靠近膀胱者：切除狭窄段，输尿管膀胱吻合术，放置双J形输尿管支架引流管，术后1～2个月拔除。
4.挛缩膀胱的手术治疗：
在患肾切除及抗结核治疗3～6个月，待膀胱结核完全愈合后，对侧肾正常、无结核性尿道狭窄的患者，可行肠膀胱扩大术。
男性患者有前列腺、精囊结核引起后尿道狭窄者不宜行肠膀胱扩大术，尤其并发对侧输尿管扩张肾积水明显者，为改善和保护积水肾仅有的功能，应施行输尿管皮肤造口、回肠膀胱或肾造口等尿流改道术。