TACE治疗失败的一个重要原因是PVTT形成，即使肿瘤很小，门静脉内癌栓发生率仍很高，一旦癌栓形成，可造成肝内播散。门静脉主干癌栓可阻断正常肝组织80.0%左右的供血，在此种情况下行TACE会造成肝血流进一步阻断，发生急性肝功能衰竭致死。因而在理论上讲要防止肝脏组织坏死，门静脉通畅是肝动脉安全栓塞的先决条件，所以以往在肝癌伴门静脉癌栓的治疗上，一直存在着分歧。一些学者将门静脉主干完全阻塞列为TACE的绝对禁忌证，主干不完全阻塞列为相对禁忌证。
现研究认为（1）PVTT存在肝动脉血供；（2）PVTT大多不能完全阻断门脉血流；（3）当门脉有癌栓时，常出现丰富的侧支循环，门脉周围小静脉迂曲扩张，称为“门静脉海绵形成”，这些侧支在肝动脉栓塞时仍能维持肝脏的血供；（4）门脉分支癌栓应是TACE的一个很好的适应证；（5）现认为肝功能状态是一个重要因素，肝功能良好的PVTT病人一般均能安全渡过栓塞的危险；（6）对合并PVTT的患者行TACE应尽可能“超选”。
研究表明PVTT多有肝动脉供血，行经肝动脉的碘油栓塞化疗后，癌栓内也有碘油沉积，且发现癌栓积聚量与其缩小比率正相关。当癌栓位于荷瘤门静脉段支时，是TACE的绝对适应证。应用超选择性插管技术，行肝段或亚肝段的化疗栓塞，使癌栓内有良好的碘油沉积，可使其缩小、甚至消失。当癌栓位于主干或一级分支内时，曾被认为是TACE的禁忌证。但近几年的临床研究发现，对于癌栓未完全阻塞门静脉主干，或完全阻塞，但已形成向肝性侧支循环，尤其是当癌灶只局限于肝段时，都不应视为TACE禁忌证。行节段性的TACE是安全的，而且对PVTT也有一定疗效，可提高患者生存率。但对于门脉完全阻塞，尚未形成侧支循环，且癌肿巨大时，若行TACE将导致严重的肝功能衰竭。此时行肝动脉灌注化疗（TAI）有效，但其疗效低于TACE。