凡具有绿色食品生产条件的单位和个人，如申请使用绿色食品标志者，均可成为绿色食品标志使用权的申请人。申请程序如下：
1.申请人向中国绿色食品发展中心或所在省、自治区、直辖市绿色食品办公室领取申请表格及有关资料。
2.申请人按要求填写“绿色食品标志使用申请书”、“企业及生产情况调查表”，并连同生产操作规程、企业标准、产品注册商标文本复印件及省级以上质量监测部门出具的当年产品质量检测报告一并报所在省（区、市）绿色食品办公室。
3.由各省（区、市）绿色食品办公室派专人赴申报企业及其原料产地调查，核实其产品生产过程的质量控制情况，写出正式报告。
4.由各省（区、市）绿色食品办公室确定省内一家较权威的环境监测单位（通过省级以上计量认证），委托其对申请企业进行农业环境质量评价。
5.以上材料一式两份，由各省（区、市）绿色食品办公室初审后报送中国绿色食品发展中心审核。
6.由中国绿色食品发展中心通知申请材料合格的企业，接受指定的绿色食品监测中心对其产品进行质量卫生检测。同时，企业须按《绿色食品标志标准设计手册》要求，将带有绿色食品标志的包装方案报中国绿色食品发展中心审核。
7.由中国绿色发展中心对申请企业及产品进行终审后，与符合绿色食品标准的产品生产企业签订《绿色食品标志使用协议书》，然后向企业颁发绿色食品标志使用证书，并向社会发布通告。
8.绿色食品标志使用证书有效期为3年。在此期间，绿色食品生产企业必须接受中国绿色食品发展中心委托的监测机构对其产品进行抽检，并履行“绿色食品标志使用协议”。期满后，若欲继续使用绿色食品标志，须于期满前半年办理重新申请手续。