流行性乙型脑炎潜伏期为4～21日，一般为l0～14日，典型的临床经过分为四期：
1.临床分期和表现：
（1）初期 病程第1~3日。起病急，体温在1～2日内高达39～40℃，伴头痛、恶心和呕吐，多有嗜睡和倦怠，可有颈部强直及抽搐。
（2）极期 病程4～10日，初期症状加重，主要表现为脑实质受损症状。表现为：
①高热：体温可高达40℃以上，持续7～10日，重者达3周。发热越高，热程越长，病情越重。
②意识障碍：是指嗜睡、谵妄、昏迷、定向力障碍，依病情程度而异。意识不清多见于病程3～8日，持续1周左右，重者达4周以上。
③惊厥或抽搐：多于病程第2～5日，可由高热、脑实质炎症及脑水肿所致。
④呼吸衰竭：主要为中枢性呼吸衰竭，为最严重的表现和主要死亡原因。多见于重症患者。表现为呼吸表浅、双吸气、叹息样呼吸，潮式呼吸、抽泣样呼吸等，最后呼吸停止。如出现脑疝，患者除表现上述呼吸异常外，尚有相应脑疝的其他临床表现。