2.治疗
（1）药物治疗：性激素治疗的主要目的是抑制雌激素的合成，使异位种植的子宫内膜萎缩或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期。鉴于无排卵性月经往往无痛经，故要采用性激素抑制排卵，以达缓解痛经的目的。适用于年轻、有生育要求及病变轻者。
①口服避孕药：避孕药为低剂量高效孕激素和炔雌醇的复合片。可连续或周期应用，一般用法为每日一片，连用6～12个月。长期连续服用避孕药9个月造成类似妊娠的人工闭经，称假孕疗法。此疗法适用于轻度内异症患者。
②孕激素：是治疗内异症的首选药物。常用药物有炔诺酮（妇康片）、甲孕酮（安宫黄体酮）、甲地孕酮（妇宁片）或异炔诺酮。自月经周期第6～25天服药，每日口服上述一种药5～10mg，可连续服用3～6个周期。此法可抑制排卵，并使异位内膜退化。
③孕激素受体调节剂：米非司酮每日口服25～100mg，可以抑制内异症。
④达那唑：常用量为每日400～800mg，分为2～4次口服，当出现闭经后剂量逐渐减少至每日200mg为维持量，一般从月经第5天开始服药，连续治疗6个月，在停药后30～45天即能恢复排卵，并可提高受孕率。
⑤促性腺激素释放激素激动剂：此疗法亦称为“药物性卵巢切除”。长期连续应用GnRH-a，垂体GnRH受体被耗尽，将对垂体产生相反的降调作用，即垂体分泌的促性腺激素减少，导致卵巢分泌的激素显著下降，出现暂时性闭经。
（2）手术治疗
①保留生育功能手术：适用于年轻有生育要求的妇女，特别是采用药物治疗无效者。手术范围为尽量切净或灼除内膜异位灶，但保留子宫及双侧、一侧或至少部分卵巢。
②保留卵巢功能手术：将盆腔内病灶及子宫予以切除，以杜绝子宫内膜再经输卵管逆流种植和蔓延的可能性，但要保留至少一侧卵巢或部分卵巢以维持患者卵巢功能。此手术适用于年龄在45岁以下，且无生育要求的重症患者。应警惕少数患者在术后仍有复发。
③根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有内膜病灶予以切除，适用于45岁以上近绝经期的重症患者。在卵巢切除后，即使体内残留部分异位内膜灶，亦将逐渐自行萎缩退化以至消失。
④腹腔镜下手术治疗：是近年国外较普遍采用的新技术，分为电凝、烧灼及电切或激光切除三种。初步观察术后妊娠率较高。
（3）药物与手术联合治疗：手术治疗前先用药物治疗3个月以使子宫内膜异位灶缩小，软化，使手术时有可能缩小手术范围和有利于手术操作。对于手术不彻底或术后疼痛不能缓解者，术后至少给予3～6个月的药物治疗。
（4）疼痛的治疗：性激素治疗对缓解疼痛均有一定效果。轻中度患者手术治疗后有74%患者可缓解疼痛症状。在药物治疗效果不佳的重度患者中，80%可通过手术治疗缓解疼痛。术后给予6个月的GnRH-a可减轻疼痛或推迟疼痛的复发。术后应用12个月低剂量达那唑也可明显降低疼痛程度。
（5）不孕的治疗：药物治疗对提高妊娠率无大帮助。手术治疗能提高术后妊娠率，治疗效果取决于病变的程度。手术后1年内妊娠率最高，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期分别为39%，31%，30%和25%.对于希望妊娠者，术后不宜应用药物巩固治疗而应行促排卵等治疗，争取尽早妊娠。经保留生育功能手术后仍不能妊娠者，可考虑采用体外受精和胚胎移植。