今天的北医，集教学、科研、医疗为一身，以本科教育、研究生教育为主，学科专业齐全。有7个本科专业（基础医学、临床医学、口腔医学、药学、预防医学、护理学、生物医学英语），有2个专科专业（护理学、口腔修复）。47个博士学位授权点和59个硕士学位授权点，6个博士后流动站。
各类在校学生10000多人，其中博士993人，硕士1436人，本科生3850人。成人教育学生3085人，留学生502人。
拥有22个重点学科，1个国家重点实验室，10个部级重点实验室，1993－2004年的10多年间，承担了国家“八五”攻关、“九五”攻关、“863”项目、“973”项目等重点科研项目，共获得国家各类基金1000多项，资金数额16000多万元，取得国家级和省、部级科研成果30多项，科研论文数与被引用数居全国同类院校和科研机构榜首，在全国医学院校中连续十一年获国家自然科学基金第一名。
北京大学医学部拥有近万名教职员工（包括6家附属医院），其中有高级职称1854人，11位两院（中国科学院、中国工程院）院士，国务院学位委员会学科评议组成员9人，13位长江特聘学者，博士生导师263人，国家重大项目首席专家及重大项目总负责人28人，国家有突出贡献专家39人，国家杰出青年基金获得者8人，入选教育部“跨世纪优秀人才工程培养计划”13人。
2000年4月3日，北京大学与北京医科大学合并后，北医本着“实事求是”与“发展是硬道理”的原则，采取以条块结合，逐步融合为方针的管理体制，利用合校后的学科综合优势，不断发展学科建设，推动医学教育改革与科学研究，努力改善基础设施条件。启动了医学、药学与预防医学学生长学制的培养模式，成立了生物医学跨学科研究中心，大力推进医学学科与理科、人文社会学科的交叉，成立了多个由基础与临床相结合的多学科联合研究中心。
新世纪的北医正在飞速发展，这所由中国政府创立的第一所医学院校，在国家的大力支持下，将秉承“勤奋，严谨，求实，创新”的学风和“坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热忱服务的献身精神”的校风，以更坚实有力的步伐，在创建世界一流大学的进程中再创辉煌，实现她自己的最高目标：尽其所能，为了人类健康事业的发展，创造世界一流的医学教育事业。
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