讨论是医学论文的重要组成部分，作者应围绕主题，有针对性地进行讨论，避免冗长的文字堆砌。讨论要以研究的结果为依据，作者既不要不敢下结论，也不可妄下结论。
国际医学期刊编辑委员会的建议
国际医学期刊编辑委员会（ICMJE）发布的《向生物医学期刊投稿的统一要求》（Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals）对讨论部分的书写作了统一要求，主要可归纳为以下5点：1、应强调指出研究获得的新的重要结果和结论，不要重复引言和结果部分内容；2、应说明研究的价值和局限性，如有其他相关研究，应阐述其间的关联；3、要与研究的目的结合起来讨论，避免妄下研究结果不支持的结论；4、除非做了经济学分析，一般不应下成本、效益方面的结论；5、要避免强调和暗示尚未完成的工作的重要性，如果有把握，可以提出新的假设和建议。
作者在写讨论时易出现的问题
妄下结论
作者在日常工作时发现，一些作者，特别是一些年轻的作者，比较容易人为夸大研究的理论或实用价值。有人总爱用“首次发现”、“没有报道”这类字眼，目的无非是想证明自己的研究是很前沿的，有价值的，自己应该受到应有的尊重和相应的待遇。即便没有做相应的全面的文献检索，有些人也喜欢这种用词。还有些作者，喜欢下这样的结论，就是让人从其论文中找不到依据的结论。试想，如果没有相应的结果支持，结论从何而来？如果有把握，提出一些假设和设想是可以的，但要言之有据，切忌空谈。
其实，研究是不是第一，是不是很有价值，读者心里有杆秤，事实也终会证明，作者没有必要大肆标榜。作者应以结果为依据，根据结果下适当的结论。即便真的是很有意义的开拓性研究，也只需客观、适当评价即可。好与坏、是与非，后人自有公论。真正的重大发现和发明，是不会被埋没的。
讨论不系统
有些作者对研究所反映的问题讨论得不够系统、完整，导致论文分割（Balkanization）。所谓论文分割，主要指以下两种情况：1、作者在讨论时不引用或没有系统引用相关文献。发生这种情况的主要原因为：作者没有意识到查找和引用相关文献的必要性；作者因条件所限，无法查到和查全相关文献；少数作者故意不引用相关文献，以突显自己研究的“新颖”和“价值”；有些医学期刊有意让作者压缩篇幅，致使作者不能引用很多文献。2、作者虽引用了相关文献，但没有结合自身的研究讨论，也就是说，作者虽查到并引用了相关文献，但没有把以前的结果和自己的结果融合在一起讨论。
这两种论文分割的结果都一样，就是使读者看完论文后，仍对该研究缺乏系统、完整、深入地了解和理解。作者应尽力避免。
与引言、结果部分重复
有些作者在讨论部分，仍喜欢强调引言部分已经明确的研究目的，并引用结果部分已经列出的具体数据，使讨论和引言、结果部分内容重复。
这种做法既浪费篇幅，又容易使读者产生繁复之感。实际上，讨论是根据研究的目的和结果所做的总结性、提示性陈述，主要是对研究所反映的问题进行分析和评价。文中已经有的，就不必再简单重复。
不愿意指出研究的局限性
任何研究，哪怕是很成功地研究，也不可能十全十美，总会有这样或那样的问题。有些作者常常用很多文字强调研究的重要性和价值，但在局限性方面却很少提及，或者干脆只字不提。
国际医学期刊编辑委员会的投稿要求和CONSORT小组的声明，都提到要指出研究的局限性。笔者认为是很有道理的。一个诚实的或者一个成熟的作者，应该对研究结果有一个可观的评价，既强调研究的成功或可取之处，还要指出研究的不足。指出研究的不足（只要不是大的如科研设计方面的问题），并非否定研究本身，而是为了让读者更客观地看待研究的结果和结论，使他们注意到研究还没有解决或者以后需要解决的问题。
讨论部分最能反映作者复习的文献量和对某个学术问题的了解和理解程度。作者应该予以高度重视，投入应有的时间和精力，写好讨论。写好了讨论部分，即可很好反映作者的水平，又可提高读者对有关问题的认识。
背景资料：CONSORT声明对论文讨论部分的要求
CONSORT声明是CONSORT小组的专家们专门针对随机对照试验的报告方法而发布的，要求作者在报告随机对照试验时在讨论部分应注意以下几点：
解释结果：
应对结果进行客观解释，既要讨论研究结果的正面作用，也要分析研究的局限性。在讨论研究的局限性时，应分析研究的任何不严密（imprecision）之处。不严密可以由不同的原因引起，如将适于成人的量表用于儿童，使用仪器的工作人员为经过培训等，在讨论部分应予说明。作者应清楚统计学显著性与临床重要性的差别。不论P值如何，可信区间有助于了解试验结果是否与临床重要性一致。研究和结果的多样性由多个干预措施、多个时点、亚组分析等引起，此时统计学上的显著性可能由机会（chance）引起，应予分析。
讨论试验发现的可推广性：
可推广性（generalizability）亦称外部有效性（external validity）或适用性（applicability），是反映研究结果适于其他环境的程度。内部有效性（internal balidity）是外部有效性的前提，有缺陷的研究结果是很难外延的。研究的可推广性与研究入选病例的特征、试验环境、治疗和结果评估方法有关。因此，提供充分的信息是非常重要的。研究结果能否延伸到入选病例年龄、性别、疾病严重程度不同的病例？研究结果是否适于不同剂量、不同用药时间、不同用药途径？诸多此类问题应予讨论。
依据现有证据，对结果进行系统讨论：
不论统计学结果、效应大小或精确度如何，随机对照试验的结果都是很重要的。读者会想知道研究结果与文献报道的研究结果的关系。因此，有必要将现有的同类研究结果进行综合、系统分析。这些信息有利于读者了解研究是否与其他同类研究有相似之处，也有利于读者了解不同研究中受试人群的相似程度。讨论应该尽可能系统，而不是仅限于引用支持现有试验结果的研究。