民间认为农历五月为毒月，初五又是毒日，有“五毒”之说，即蛇、蜈蚣、蝎子、壁虎和蟾蜍。此月多灾多难，先人因此想了不少办法来应对，避“五毒”就是过端午节的初衷。为了避免疾病的发生，人们将艾叶编成老虎形状，据说老虎能够威慑百虫驱邪辟瘟。传说菖蒲形状如箭，可以辟邪，人们便用菖蒲做箭，插于门楣，具有驱鬼退魔的功效，俗称“蒲箭斩千妖，艾旗招百福”。
端午前后正值初夏季节，天气炎热，多雨潮湿，蚊虫滋生，是传染病的高发时节，且蛇虫繁殖，易咬伤人。而艾草的茎、叶都含有挥发性芳香油，它所产生的奇特芳香可以驱蚊蝇、虫蚁，净化空气，菖蒲则是多年生水生草本植物，它狭长的叶片也含有挥发性芳香油，是提神通窍、健骨消滞、杀虫灭菌的药物。
除了驱蚊，艾草菖蒲还可“避邪”，邪为中医里的病邪之意，包括风、寒、暑、湿、燥、火在内的六淫，这都是致病的因素，将艾草、菖蒲挂于门前或屋内，其散发的草药香除了让人感到神清气爽，有醒神、提神的作用外，还可以通心窍，提高人的正气，从而增强抵御外邪的能力。
洗浴“兰汤”清热解毒
为了对付五毒，在端午节还要沐浴兰汤。当时的兰不是现在的兰花，而是菊科的佩兰，有香气，可煎水沐浴。后来一般是用煎菖蒲、艾草等中草药洗澡，不论男女老幼，全家都洗，此俗至今尚存，据说可治皮肤病、去邪气。
艾叶浴对毛囊炎、湿疹有一定疗效，菖蒲叶及根芳香化湿，外用能改善局部血液循环，清热解毒，对皮肤瘙痒的效果较好。若是不便泡浴，可将其放入水中煮半小时，然后用水擦身即可。除了悬挂、沐浴，还可以将艾叶燃烧熏烤，达到治病祛病的目的。“艾草里有种芳香物质，可以活血通络，以艾熏烤、驱毒的古老的方法早在华佗扁鹊时代就采用。许多人在夏日常点医用艾条，或是用艾草梗熏房间，既可驱蚊，对于预防季节性、流行性感冒效果不错。”
佩戴香囊防止蚊虫叮咬
古时农历五月初五，妇女们用红黄蓝白黑五色丝线或绒线，拴在儿童手臂、手腕等处;或悬挂于儿童胸前、蚊帐、摇篮。据说，五色丝象征五色龙，可以免除瘟病，使人健康长寿。五色线不可任意折断或丢弃，只能在夏季一场大雨或第一次洗澡时，抛到河里，称为“缠五色丝”。
如今，由缠五色丝演变出戴香囊的风俗习惯，也是端午节人们必戴的物件。香囊由各种花色的布缝制而成，在家自制香囊时，可用艾叶、菖蒲、菊花、薄荷叶研细，然后放在布袋中缝合好。可以佩戴在胸前、腰际或肚脐处，也可以把香囊挂在门口或车内。这几味中草药有散风驱寒、通九窍、扶正气的功能，并含有挥发油，气味纯正、持久，戴着能防止蚊叮虫咬，改善神疲乏力等不适，还可以预防感冒。
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