《实施方案》同时提出，要发挥县级医院的龙头作用，三年内中央重点支持2000所左右县级医院（含中医院）建设，使每个县至少有1所县级医院基本达到标准化水平。完善乡镇卫生院、社区卫生服务中心建设标准。2009年，全面完成中央规划支持的2．9万所乡镇卫生院建设任务，再支持改扩建5000所中心乡镇卫生院，每个县1－3所。
此外，根据这一《实施方案》，我国还将在三年内新建、改造3700所城市社区卫生服务中心和1．1万个社区卫生服务站。中央支持困难地区2400所城市社区卫生服务中心建设。
近年来，我国不断加大对医疗卫生事业的投入，但基层医疗机构薄弱、投入少，与群众需求有较大差距。一些地方由于缺少农村卫生室，农民看病往往要赶往县医院甚至省城医院，费尽周折，又贻误病情；而在城市，一些社区卫生机构也因为财政投入少、缺少骨干医务工作者等原因，呈现条件差、患者少的状况。
中国中医科学院广安门医院肿瘤科主任林洪生表示，基层医疗机构多了，看病水平提高了，老百姓就会少受“东奔西跑”之苦，城市大医院也不会人满为患。
为健全基层医疗卫生服务体系，《实施方案》还提出，公立医院资源过剩地区，要进行医疗资源重组，充实和加强基层医疗卫生机构。对社会力量举办基层医疗卫生机构提供的公共卫生服务，采取政府购买服务等方式给予补偿；对其提供的基本医疗服务，通过签订医疗保险定点合同等方式，由基本医疗保障基金等渠道补偿。鼓励有资质的人员开办诊所或个体行医。
