近期全国传染病疫情形势总体较为平稳，但部分传染病在局部地区仍时有发生或暴发流行。特别是随着春季的来临，流感等呼吸道传染病暴发流行的因素在不断增加，同时手足口病等肠道病毒引起的急性传染病疫情防控形势不容乐观。卫生部要求各地进一步加强春季传染病的防控工作，有效预防控制传染病疫情的扩散和传播，保护广大人民群众的身体健康。
据统计，在2009年1月份的传染病疫情报告中，形成突发公共卫生事件的主要以水痘（18 起）、人感染高致病性禽流感（7起）和流行性腮腺炎（3起）为主，三病种共报告28起，报告病例524人，分别占传染病事件总数和病例总数的84.85% 和80.99%。另据统计，2009年1月1日至31日，全国31个（除西藏）省份共报告手足口病7821例，其中重症病例3例，死亡1人。全国手足口病疫情以散发为主，未接到手足口病突发公共卫生事件报告。
专家分析认为，冬春季是我国人感染高致病性禽流感高发季节，预计人感染高致病性禽流感疫情在我国散发出现的可能性还会继续存在；随着春季学校陆续开学，水痘、流行性腮腺炎、流感及流感样病例、麻疹等呼吸道传染病仍处于高发季节；根据手足口病发病特点，估计2月份之后全国报告发病数仍将继续上升。
卫生部要求，各地要充分认识做好春季传染病防控工作的重要性和紧迫性，地方各级卫生行政部门要按照各部门间已建立的联防联控工作机制，周密部署、明确责任，落实各项措施，加强督导与检查。要切实加强传染病疫情监测与报告工作。各级卫生行政部门要加强对医疗机构疫情报告质量的监督检查，各级疾病预防控制机构要坚持每日审核和分析医疗机构疫情报告情况，主动加强预警预测工作。
各地应继续加强人感染高致病性禽流感疫情和不明原因肺炎的监测、报告工作，做好病例救治，降低病死率，并加强各项疫情防控措施。应加强中小学校及幼托机构水痘、流行性腮腺炎、麻疹及流感等呼吸道传染病及手足口病的监测和防控工作。同时，应加强春季传染病的大众健康教育活动，引导公众进行主动防范和自我保护。大力开展爱国卫生运动，进一步加大环境卫生整治力度。
近期，卫生部对加强以手足口病为主的肠道病毒类传染病防控工作做了认真部署。一是要求地方各级卫生行政部门要高度重视手足口病等肠道病毒类传染病防控工作,认真做好辖区内肠道病毒类传染病等突发公共卫生事件的防控工作,严防重大传染病疫情发生。二是要求地方各级卫生行政部门编制本地区的手足口病防控工作方案。把各项防控措施落到实处，在收到疫情报告后,要采取切实有力措施,及早进行干预,争取在最短时间内将疫情在最小的范围内扑灭。三是加大监测工作力度,做到及时发现、及时报告。四是切实加强对辖区医疗机构的人员培训，努力提高手足口病临床诊断和救治水平，最大程度地提高重症患者的救治成功率，降低死亡率。
